Кухтин М.Д. виконує науково-дослідну роботу з удосконалення методів експертизи харчових продуктів, зокрема молочних, м’ясних, овочів.  Вивчаються механізми та закономірності формування мікробних біоплівок на технологічному молочному устаткуванні та розробляються способи руйнування мікробних біоплівок з метою виробництва безпечних харчових продуктів за мікробіологічним показниками. Досліджується мікробіологічні та фізико-хімічні зміни під час зберігання молокопродуктів для обґрунтування оптимальних умов і термінів зберігання. Виконував госдоговірну тему «Вивчити вплив бактуфугування та різних режимів пастеризаційної обробки молока сирого на його фізико-хімічний склад на ПрАТ Тернопільський молокозавод»  у 2013 році договір №318-13.